Med tiden blev Minato i uppdrag av en Genin team av sitt eget, bestående av Rin Nohara, Obito Uchiha, och Kakashi Hatake. [6] Under tredje Shinobi världskriget ledde Minato hans lag på ett uppdrag i Kusagakure att förstöra Kannabi Bridge. Eftersom Kakashi hade nyligen blivit Jonin gav Minato ledning av uppdraget till Kakashi medan han gick för att hjälpa Konoha styrkor vid fronten. Efter mötet upp med överlevande och ut-numrerade Konoha ninja använde Minato hans Flying åskguden teknik för att döda den motsatta Iwagakure ninja. Han återvände sedan till sitt team, precis i tid för att rädda Kakashi och Rin från en annan grupp av Iwa styrkor, men var för sent att rädda Obito. När Kakashi och Rin återhämtat sig från pärsen hjälpte Minato dem slutföra uppdraget. Minato var en slug person, och var inte en man som skulle göra något utan reason.He var mycket kunnig i ninja världen, slutsatsen att endast Madara Uchiha skulle ha makt eller anledning att ha den nio-stjärtar attack Konoha under sin kamp med det maskerade mannen. Minato var känd för sin oslagbara beslutsamhet och otroligt enhet, som han vidare till sin son. I sin ungdom, Minato hade också en önskan att erkännas av alla i byn och att bli en stor Hokage, igen, passerade en egenskap till sin son. Hans hängivenhet till byn och hans kärlek till sina vänner inspirerade alla omkring honom, och som ett resultat, blev han omtyckt av byborna. Minato likväl förstå att Naruto måste känna sårad av det faktum att hans egen far hade förseglat ett monster inom honom. 

Minato spenderade tre år skapa Rasengan genom att observera Tailed Beast. Det är den högsta nivån av formen omvandling och det kräver inte sidan tecken som ska utföras. Istället använder en koncentration av spinning chakra i form av en sfär i användarens handflata, är enorma skadorna till sitt mål vid kontakt. Som skapare hade Minato stor herravälde över Rasengan, kunna bilda den med ena handen och hans standardutförande - vid ett tillfälle - är större än Rasengan används av andra tecken (ungefär storleken på den stora bollen Rasengan). Bristen på genomarbetade förberedelser som behövs för Rasengan gav Minato en fördel jämfört med andra teknik-användare i strid. Till exempel i hans kamp med Tobi, kan han bilda en Rasengan direkt efter att kasta sin markerade Kunai på honom, så Minato att landa ett förödande slag omedelbart efter utfört Flying åskguden Teknik.Minato var känd för sin unika rumtiden teknik Flying åskguden Teknik, som i huvudsak tillät honom att teleportera till valfri plats med spåras rörelser Minato hade hjälp av speciella tätningar. Genom att kasta Kunai som hade förseglingen knutna till dem bakom fiendens linjer, skulle Minato utplåna en hel pluton i blink of an eye.Minato kunde teleportera till hans speciella Kunai även när det reste genom air.He var också kapabel att tillämpa täta mot fasta ytor med sin nakna hand låta honom märka motståndare och ge sig själv ett enkelt sätt att spåra och nå dem. Han ingår också denna tätning formeln i Kushina sigill så att han kunde alltid komma till hennes hjälp, när som helst.